Taraf gazetesinin verdiği habere göre iddianamede 2007 yılında Genelkurmay Başkanı Yaşar Büyükanıt’ın o dönem Kara Kuvvetleri Komutanı olan İlker Başbuğ’un danışmanı Ankara Üniversitesi’nde görevli N.Y’nin faaliyetlerini mercek altına aldırdığıyla ilgili önemli bir belge var. İddianamede daha önce Zaman gazetesi tarafından gündeme getirilen bu belgenin Genelkurmay’a sorulduğu, Genelkurmay Askeri Savcılığı’nın 06 Mayıs 2009 tarihli 91521872 sayılı yazısı ile söz konusu belgenin kabul edildiği ve gizliliğinin kalkmadığı belirtiliyor.
Genelkurmay tarafından otantik olduğu kabul edilen belgede Başbuğ ile ilgili şu ifadeler dikkat çekiyor: “Bu kapsamda bilgilere göre Org. Başbuğ, Dr.Y... aracılığı ile A... Genel Bşk. EM.’ya Cumhurbaşkanlığı seçimiyle ilgili olarak;
a) CHP’nin kendi istedikleri dışında bir AKP’linin (Milli Görüşçü - Fetullahçı) aday gösterilmesi durumunda meclisteki oylamaya kesinlikle katılmayacakları,
b) R.T.E. - A.G. - B.A. üçlüsünden birisinin aday olması halinde; CHP-ANAPDYP’nin katılmadığı durumda seçilen cumhurbaşkanının sadece AKP’nin cumhurbaşkanı olacağı ve bu yüzden TSK’nın başkomutanı olamayacağından hareketle TSK’nın buna müdahale edeceği,
c) Bu müdahale neticesinde hükümetin düşeceği, bunun Anayasa Mahkemesi ile görüşülerek sağlandığının bizzat Org.Başbuğ tarafından ifade edildiği, Anayasa Mahkemesi’nin AKP’yi kapatacağı, R.T.E. -A.G. - B.A. üçlüsünün siyaset yapmasının yasaklanacağı ve böylece AKP kadrosunun dağılacağı,
ç) A.D.’a bağlı medya kuruluşlarının sağlayacağı medya desteği ile E.M. önderliğinde, birleşen ANAP ve DYP’nin çekim gücü ile bu partiye katılacak TSK’ya yakın ve AKP düşmanı R.H., S.A., A.Ş. ve C.Ç. gibi isimlerle bir oluşum sözü verildiği ve bu oluşumun müdahaleden sonraki ilk seçimlerde iktidara taşınacağına kesin gözüyle bakıldığı hususlarını ilettiği bilgileri elde edilmiştir.
5. Yukarıda ifade edilen bilgilerin bizzat Dr. Y... tarafından iş arkadaşları seviyesinde dile getirildiğine dair bilgiler elde edilmiştir.”