Arınç, hükümete karşı kurulan internet siteleriyle ilgili Andıç davası kapsamında tutuklanan eski Genelkurmay Başkanı İlker Başbuğ'la ilgili ilginç değerlendirmelerde bulundu.
Arınç, 'Başbuğ'un savunmasının bir yerinde 'Hani nerede o iddialar, kim suikast yapıyormuş?' ifadelerini kullandığının hatırlatılması üzerine "Sayın Başbuğ, aynı zamanda eline LAW silahını alıp ona boru diyen bir insandı. Islak imza, bilmem ne imza tartışmalarına da 'kâğıt parçası' diyen birisiydi. Bırakınız onu söylemesini, benimle ilgili iddiaları, 'O gözetleme emrini ben verdim' diyen kişiydi. Yani neyi, ne zamanda, ne kadar doğru söylediğini bilemiyorum. Herhalde yargı, bunların hepsini değerlendirecektir.'' dedi.
Arınç'ın sözünü ettiği olay 19 Aralık 2009'da yaşandı. Emniyete gelen bir ihbar üzerine polis ekipleri Arınç'ın Çukurambar'daki evinin etrafında dolaşan iki şüpheliyi gözaltına aldı. Şüphelilerin daha sonra Genelkurmay'da görevli iki subay olduğu anlaşıldı. Subaylardan birinin, bu sırada üzerinden çıkan ve Arınç'ın evinin krokisini gösteren kâğıdı yutmaya çalıştığı iddia edilmişti. Olayın ardından Özel Yetkili Ankara Cumhuriyet Başsavcı Vekilliği olayla ilgili soruşturma başlattı. Soruşturma kapsamında Genelkurmay Başkanlığı'na bağlı Seferberlik Tetkik Kurulu'nun 'Kozmik Oda'sında günlerce arama yapıldı. Başbuğ, daha sonra internete düşen ses kaydında Arınç'ı gözetleme emrini kendisinin verdiğini şöyle itiraf etmişti:
"Ankara Seferberlik Kurulu Bölge Başkanlığı'ndaki yaşadığımız bir olay. Evet, bunlara biz görev verdik. Ben verdim, hiç kimse de ırgalamasın, ben verdim. O görevi arkadaşlar icra ediyorlar. Uzun süredir icra ediyorlar. Yapılan ne, bu adamlar sürekli orada, yapılan ne? Nedir yapılan? Daha görev yaptığınız bölgenin karakteristiğini bir kere tam bilmeniz lazım yani. Bölge hassas bir bölge ve bir yığın adam var orada. Benim adamımın bunu görmesi lazım, görmüyor... Efendim işte bu Ankara Seferberlik Bölge Başkanlığı'na gelecekler, arayacaklar. Yani ne yapacaksınız? Bir: Aratmayacaksınız, Aratmazsanız ne olacak? Arayabilirler mi? Girdim. Giremezsiniz desen ne yapacaklar, girebilirler mi oraya? Nah girerler..."
Arınç, TV8'de yaptığı açıklamada Türkiye'de güçlü bir yargının olduğunu, Başbuğ hakkındaki soruşturmanın 'hiç kimsenin dokunulamaz, kendisi hakkında söz söylenemez, dava açılamaz' olmadığını ortaya koyduğunu dile getirdi.
"Mehmet Ağar hakkında şu kadar yıl ağır hapis cezası vermiş olan bir yargı, bugün söz konusu edilmiyor da bir eski Genelkurmay başkanıyla ilgili bir iddiayı diline doluyorsa, bu, çift taraflı davranmak olur." diyen Arınç, "Zâtıâlinizle ilgili çok üzüntü duyduğumuz gelişmeler olmuştu. Suikast iddiaları ve hazırlığı üzerinde yakalanmıştı bir grup. Kozmik odalara girebilmek için mi yaptınız?'' sorusuna ise şu karşılığı verdi: "Ben girmedim kozmik odalara. Savcı ve hakim girdi, ne bulduklarını da bilmiyorum. Ama acele etmesinler. Allah'ım, kalmasın âlemde hiçbir hakikat nihan. Her şey ortaya çıkar, bekleyelim.''