Akşam gazetesinin haberine göre; 17 Aralık ve 25 Aralık operasyonunun ardından paralel yapı içerisinde görev alan polislerin arşivleri silerek gizli belgeleri yok ettiği ortaya çıktı. Paralel yapının polislerine yönelik ilk suçüstü İstanbul’da yapıldı. İddialara göre olay şöyle gelişti: İstanbul Cumhuriyet Savcısı İbrahim Baytekin, 16 Ocak günü İstanbul Büyükşehir Belediyesi ve İtfaiyesi çalışanlarına yönelik gözaltı listesini Emniyet’e gönderdi. Polis, kendilerinde böyle bir dosya olmadığını belirterek tutanağa geçti. Teslim tutanakları ile kayıp olan dosyaların peşine düşen polis, dosyanın bir komiser tarafından silindiğini ve dışarı çıkartıldığını tespit etti. Derin operasyonlarında başarılı olamayan paralel yapı, son kozları olan Büyükşehir Belediyesi ve İstanbul İtfaiyesi’ne yapılacak operasyon için hazırlık yapmıştı. Ancak paralel yapının deşifre olmasının ardından planlanan operasyon gerçekleştirilememişti.
Paralel yapının içerisinde yer aldığı tespit edilen komiser M.A., 17 Aralık operasyonunun ardından İstanbul Emniyet Müdürlüğü tarafından görev yeri değiştirilerek Organize Şube Müdürlüğü’nden Küçükçekmece Emniyet Müdürlüğü emrine verilmişti. Kayıp dosyanın izini süren polis, operasyon dosyasının komiser M.A. tarafından bilgisayarlardan silindiğini, harici bellek ile şube dışına çıkartıldığını tespit etti. M.A.’dan dosyayı almak için çalışan polis "paralel yapı" içerisinde görev alıyormuş gibi "Operasyon yapacağız, elimizde dosya yok. Emir geldi başlıyoruz. Dosyayı getir" diyerek komiserin Emniyet’e gelmesini sağladı. Komiser M.A. dosyayı taşınabilir harici bellekle Emniyet Müdürlüğü’ne getirdi. İçerisinde İstanbul İtfaiyesi’ne yapılacak operasyonun detayları bulunan bellek tutanakla teslim alındı.
Kayıp dosyayı polislere teslim eden komiser M.A.’nın meslektaşlarına, "Abiler tekrar göreve gelecek. Dosyalarla ilgili çalışmaya devam edin. Bizden haber bekleyin” dediği iddia edildi. M.A.’nın polislerin “Emir geldi, sabah operasyon yapacağız" telefonunun “abilerin emri sandığı” ve o nedenle dosyayı getirdiği ortaya çıktı.
Dosyayı bilgisayarlardan silerek evine götüren, Küçükçekmece Emniyet Müdürlüğü kadrosunda görev aldığı halde gizlilik kararı bulunan dosya üzerinde çalışma yapan M.A. idari soruşturma açılarak açığa alındı. Hakkında gizlilik kararı bulunun dosyaları silmek, usulsüz yollarla Emniyet Müdürlüğü dışına çıkarmak suçlamaları ile açığa alınan M.A. memur suçları savcısına ifade verecek.