7 Kasım 1998 tarihli Resmi gazetede yayınlanan Yüksek Öğretim Kurumları Yönetici, Öğretim Elemanları ve Memurları Disiplin Yönetmeliği'ndeki değişikliklerle YÖK tarafından üniversitelerde estirilen terör rüzgarına yeni bir boyut eklendi. Yeni yönetmelikte yer alan son derece muğlak suçlamalarla, keyfi bir şekilde öğretim görevlileri üniversitelerden uzaklaştırılabilecek ve bir daha da hiçbir kamu kurum ve kuruluşunda görev alamayacak. Üstelik de yargıya başvurma haklan da yok. Başvurabilecekleri tek merci yine YÖK'ün bünyesinde ve kontrolündeki "Disiplin Kurulu". Yani YÖK hem savcı hem de hakim konumunda. Aslında yeni yönetmelik 1982 tarihli kamuoyunda 1402 diye bilinen yönetmeliğin değiştirilmiş şekli. 1402 de bir darbe ürünü olmasına rağmen şimdikinden daha fazla hareket serbestisi tanıyordu. Bir fark da 1402'yi komutanlıkların işletmesiydi. Şimdiki yönetmeliği ise YÖK işletiyor. Gerçekte ise bu, görünüşten ibaret bir farklılık. Zira bizatihi kuruluş amacı tüm ülkede yerleştirilmeye çalışılan darbe ortamını üniversitelerde de hakim kılmak olan YÖK aslında bir Yüksek Öğretim Kurumu değil, Yüksek Öğretim Komutanlığı. YÖK başkanı ve üyeleri de, merkezi komutanlığın emrindeki küçük rütbeli subaylar. Bu durumu tasvir eden ve zihinlerde şok bir belge olarak kalan tablo, 12 Eylül sonrasında Kenan Evren'in, dönemin rektörlerini ve YÖK'ün müstakbel ilk başkanı İhsan Doğramacı'yı karşısında hazırola geçirtip, nutuk dinletmesiydi. "Adam olacak çocuk" misali, daha o günden ne olacağı belli olan YÖK, hakikaten kendisinden bekleneni fazlasıyla yerine getirdi ve binlerce öğretim üyesini, onbinlerce de öğrenciyi üniversiteden uzaklaştırdı. Darbe ortamının tüm ülkede hakim kılınması ve muhaliflerin sindirilmesinden sonra YÖK, biraz geri plana çekildiyse de, kendisine verilecek yeni görevleri dört gözle bekler vaziyette, hep hazıroldaydı. 28 Şubat'tan sonra, ülkenin üzerinden zaten hiç eksik olmayan darbe şartları ağırlaştırılırsa YÖK de yeniden ve daha radikal bir tarzda göreve soyundu. Bu yüzden, eski yönetmelik yeniden düzenlendi.
Bu yönetmelikle, yılların emeği-birikimi olan akademik unvanlar rütbe söker gibi YÖK tarafından sökülebilecek. Ancak yasalarla düzenlenebilecek bir takım yaptırımları idari bir yönetmelikle düzenlemek hukukun temel ilkelerini görmezden gelmek anlamına geliyor. Zaten YÖK ve onun ardındaki MGK, hukuku adaleti tesis etmede değil, muhaliflerini ezmede bir savaş aracı olarak kullanıyor. Yeni yönetmelikte siyasi faaliyetler içine giren öğretim görevlilerinin cezalandırılacağı ifade ediliyor. Oysa 1995'te Anayasa'da yapılan değişiklikle, üniversite öğrenim elemanlarının partilerde siyaset yapabilmelerine imkan tanınıyor. Yine hukukun temel ilkeleriyle bağdaşmayan bir uygulama da, yönetmeliğin geriye doğru işletilmesi ve kazanılmış hakların geri alınması. Yönetmelikten önceki davranışlarından dolayı, aynı üniversiteden ondokuz öğretim üyesi görevden uzaklaştırıldı. Tabii yargıya gitme hakları da yok. Tek gidebilecekleri yer disiplin kurulu. Oradan da adil bir kararın çıkması mümkün değil. 27 Mayıs cuntası da DP'lileri asmak için, "Geçmişe Yürüyen Ceza Yasası" çıkarmıştı.
Her konuya bakan YÖK'ün tek ilgilenmediği konu üniversitelerin bilimsellikte katettikleri mesafe. Öğretim üyelerinin maaşlarının yetersizliği, bunun da öğretim üyelerini ek işlere yönelttiği ve doğal olarak eğitimin kalitesinin düştüğü gerçeği YÖK'ü ilgilendirmiyor. Maliye Bakanlığı elemanlarının milyonlarca dolar karşılığında Harvard üniversitesi öğretim üyelerince eğitilmesinden, YÖK hiç gocunmuyor. Yapılan masraf ayrı bir sorun, böyle bir eğitimi verecek Türkiye'deki üniversitelerde eleman bulunmaması ayrı bir utanç. Bazı üniversitelerin mühendislik bölümlerinde bilgisayarla çizilen projelerin kabul edilmemesinin, öğretim üyelerinin bilgisayar programları konusunda yeterli bilgiye sahip olmamasından kaynaklanması gibi bir 'çağdışılık', YÖK'ün ilgi alanında değil. YÖK'ün görevi, düzen muhalifi öğrencileri tek tek fişlemek ve ilgili mercilere bildirmek; yani polislik yapmak. Bu durumu, Üniversitelerarası Kurul Başkanı, 19 Mayıs Üniversitesi rektörü Osman Çakır şöyle ifade ediyor: "İdeolojik ve dini istismar yapan öğrenciler ve bunların elebaşları kimlerdir, potansiyel suçlular kimleredir; bunları tek tek tespit edip haklarında soruşturma başlatacağız." Hakikaten de YÖK bu açıklamalardan sonra "potansiyel suçlular"a varıncaya kadar ayrıntılı bir fişleme ve takip işine girdi. Tabii ki, bu faaliyette MGK'nın daha önce yetmişbir üniversite rektörünü toplayıp, birifinglendirmesinin etkisi tartışılmaz. Üniversitelerin yönetim kadrosunun tek başına bu işin altından kalkması mümkün olmadığından, devletin bu konudaki deneyimli elemanları Sivil Çalışma Grubu (SÇG) adı altında, YÖK'ün yardımına koştular. Burada kimler yoktu ki; "Çağdaş Yaşamı Destekleme Derneği" ve "Atatürkçü Düşünce Derneklerinden tanıdığımız Necla Arat ve Türkan Saylanlar --ki adlarını ikna odaları projesinde daha da duyurdular- pek çok muhbir öğrenci ve öğretim üyesinden sivil polislere kadar, daha kimler kimleri Kadroları yetersiz kalmış olmalı ki ek olarak, diğer öğrencileri ve öğretim görevlilerini de muhbirliğe zorlamaktalar. Ankara Üniversitesi Dil Tarih Coğrafya fakültesinde ellibir öğrenci hakkında başörtülü olarak derse girmek istediklerinden dolayı soruşturma açılırken, dekan Melek Delilbaş fişleme yapmayan öğretim görevlilerini de fişlemekle tehdit ediyor. Soruşturmaya SÇG'nin malum "özel görevliler"ide katılıyor ve öğrencilere şu tür sorular yöneltiyorlar: "Suçunun ne olduğunu biliyor musun? Hangi liseden mezun oldun? Sonradan mı kapandın? Bundan sonraki hayatında başını açmayı düşünüyor musun? Ailen muhafazakar mı? Ailede başka başörtülü var mı? Ev adresin nedir?..." Görüldüğü üzere insanlar üzerinde estirilmeye çalışılan tam bir psikolojik terör ve baskı havasıdır. Sadece öğrenciler üzerinde değil, öğretim üyeleri üzerinde de aynı hava estirilmeye çalışılıyor. Öğretim üyelerinin toplumsal mücadeleden, hak alma eylemlerinden soyutlanması, halktan koparılması bir yana, kendi hakları ve sorunları için dahi harekete geçmeleri engellenmeye çalışılıyor. Beyinlerini, bilimsel namuslarını YÖK'e, darbecilere teslim etmeleri isteniyor. Hatta işsizlik ve açlıkla muhbirlik arasında veya en azından, bilimle, adaletle bağdaşmayan uygulamalara göz yumma arasında tercihe zorlanıyorlar. Yeni yönetmelik de, bu psikolojik terörün son halkası. Zira bu yönetmelikle, çok keyfi bir şekilde cezalar verilecek ve hiçbir şekilde yargıya başvurulamayacak. Yani insanlar üzerinde "hak aramanın boşa olduğu, boyun eğmekten başka çıkar yol olmadığı, hiçbir kapı, hiçbir ümit ışığı bulunmadığı" şeklindeki yargı yerleştirilmeye çalışılacak. Dolayısıyla daha baştan, herhangi bir tepkinin, karşı çıkışın önü alınmış olacak. Gerçekte, yargı yolu açık olmuş olsaydı bile farklı bir karar çıkmayacaktı. Ama o zaman en azından böyle bir yolun da mevcut olduğunu düşünen insanlar daha baştan boyun eğmeyecekler, direnecekler ve bu da belki yönetmeliğin uygulanmasının önüne geçebilecekti. Görüldüğü gibi kuşatma çok acımasız. Bir umut ışığı bile bırakmamaya çalışıyor ve muhalif tüm kesimleri kapsıyor.
Darbecilerin bundan önceki dayatmalarda ve baskılarda da gözüken yüzü toptancılıkları, yani muhalif tüm kesimleri karşılarına almalarıdır. Bu durumun, onların basiretsizliklerinden mi yoksa pervasızlıklarından mı kaynaklandığı ayrı bir tartışma konusu olsa da, aynı zamanda yumuşak karınlarını oluşturduğu da bir gerçektir. Dolayısıyla bu hukuk dışı yönetmelik ve uygulamalar her alanda protesto edilmeli ve aynı zamanda muhalif-mağdur tüm kesimleri içine alan karşı çıkışlar gerçekleştirilmelidir. Ancak bu şekilde darbecilere geri adım artırılabilir ki, daha önce bunun örneği, İstanbul Üniversitesi'nde uygulanmaya çalışılan başörtüsü yasağına "Öğrenci dayanışması" şeklinde gösterilen tepkide görülmüştür.