Özgür Üniversite dergisinin Mayıs 1999 tarihli 10. sayısı 2 nolu DGM'nce toplatıldı. Basın Bürosu Polislerince tebliğ edilen mahkeme kararında DGM Savcılığınca beş ayrı yazı TCK 312. Madde kapsamında değerlendirildi.
Söz konusu savcılık iddianamesinde; "Direnişin Azığımız Olması Dileğiyle", "Başörtüsü, Hukuk, Siyaset ve FP", "Üniversitelerden", Özgür-Der: Yapılan Saldırı Merve Kavakçı üzerinden İslami Değerlerimizedir" ve "Geceleri Uyandırıp Köpekleri Susturmalı" başlıklı yazıların bütünü ile incelenmelerinde TCK'nın 312/2 maddesine aykırı olarak halkı sınıf, ırk, din, mezhep veya bölge farklılığı gözeterek yayın yolu ile açıkça tahrik edici unsurlara yer verilmiş olduğu yer alıyor.
Bilindiği gibi Özgür Üniversite Dergisi temelde eğitim-düşünce, kültür-sanat, siyaset ve usûl konularını ele alıyor. Dergi aynı zamanda "Özgür Üniversite Etkinlikleri" adı altında fakültelerde belirli dönemlerde faaliyetlerde bulunuyor. Hem yazılı, hem sözlü hem de pratik olarak hak ve özgürlüklere sahip çıkmasıyla özellikle İstanbul Üniversitesi'nin faşist idarecileri tarafından polis ve savcılara jurnallendiler. Son olarak DGM'ce açılan dava derginin neredeyse tamamını 312/2 kapsamına almış. Hatta "Geceleri Uyandırıp Köpekleri Susturmalı" başlıklı deneme yazısının da aynı maddeye muhalefetten takibata uğraması yargının, adalet ve bağımsızlık anlayışındaki çarpıklığı ve sapkınlığı bir kez daha gözler önüne seriyor.
Dergi sahibi Ahmet Başpehlivan ve Yazı İşleri Müdürü Aykut Şahin 4 Haziran 1999'da DGM Savalığına ifade vermek üzere gittiler. A. Başpehlivan ve A. Şahin savcılığa verdikleri ifadelerde söz konusu yazıların TCK 312/2 kapsamında olmadığını, bu iddiaları kabul etmediklerini ifade ettiler.