22 Nisan 2006 Cumartesi günü Özgür-Der'in Fatih Saraçhane Parkı'nda düzenlediği eylemde, Hakimler ve Savcılar Yüksek Kurulu'nun Van Savcısı Ferhat Sarıkaya'yı ihraç kararı ile ilgili yaptığı konuşmadan ötürü, Bahadır Kurbanoğlu hakkında Fatih Asliye Ceza Mahkemesi'nce "Silahlı Kuvvetleri Tahkir ve Tezyif" iddiasıyla TCK 301. maddeden dava açıldı. Dava 3 Ekim 2006 tarihinde görülmeye başlanacak.
Öte yandan, Esra Çifçi'nin dergimizin Haziran 2002 tarihli 135. sayısında yer alan "Teslimiyeti Değil Alternatifi Tartışmalıyız" başlıklı yazısından dolayı "halkı din ve mezhep farklılığı gözeterek kin ve düşmanlığa açıkça tahrik" ettiği gerekçesiyle yargılanan dergimizin Yazı İşleri Müdürü Kenan Alpay beraat etti.
Kenan Alpay hakkında ilgili yazıdan dolayı İstanbul 5 No'lu Devlet Güvenlik Mahkemesi'nde dava açılmış ve hakkında TCK 312. maddesi gereğince 2 yıl hapis cezası verilmişti. Bu mahkumiyet kararı temyiz edilmiş, yeni TCK'nın yürürlüğe girmesi üzerine Yargıtay 8. Ceza Dairesi Başkanlığı tarafından mahkumiyet kararının bozulmasına karar verilmiş, yeni TCK gereğince dosya Fatih 2. Asliye Ceza Mahkemesi'ne gönderilmişti.