Hiç hukuk bilgisi yokken mahkeme başkanlığına getirilen Çetinkaya, 1920-1927 yılları arasında Ankara İstiklâl Mahkemesi’nde verdiği idam kararlarıyla 2 bin 470 kişiyi astı.

“Sanığın idamına, şahitlerin bilahare dinlenmesine” hükmüyle bilinen İstiklâl Mahkemeleri’nin şaibeli başkanı “Kel Ali” lakaplı Ali Çetinkaya, Ardahan milletvekili Kars fatihi Halil Paşa’yı sırtından tabancayla vurarak öldürmüş ve TBMM’de gerçekleşen ilk cinayeti işlemişti. Resmi ideolojinin emir kulu Çetinkaya hakkında meşrû müdafaa bahanesiyle kovuşturma bile yapılmamıştı.