Yeniden yapılan yargılamanın mütalaasında Yargıtay'ın bozma kararına uyulması ve 6 sanığın "suç için anlaşma" suçundan 12 yıla kadar hapis cezasıyla cezalandırılması istendi. Mütalaada yargılama aşamasında hayatını kaybeden Metin Yavuz hakkındaki davanın ise düşürülmesi talep edildi. 

Anadolu 4. Ağır Ceza Mahkemesi'ndeki duruşmaya başka suçtan hükümlü bulunan sanık Çetin Doğan, Ses ve Görüntülü Bilişim Sistemi (SEGBİS) aracılığıyla bağlandı. Duruşmada 4 tutuksuz sanık ile sanık avukatları da yer aldı.

Esas hakkındaki mütalaasını açıklayan Savcı Alim Yaşar, sanıkların Türkiye Cumhuriyeti Devleti'ni yöneten AK Parti hükümetini cebren düşürmeye yönelik faaliyetlerde bulunmak üzere bir araya geldiklerini öne sürerek, seminer adı altında çalışma başlattıklarını kaydetti.

Söz konusu çalışmaların deşifre olması üzerine seminer programına katılan silahlı kuvvetler personelinin bir kısmının emeklilik istendiğini ifade edildi.

Eylemin teşebbüs aşamasına ulaşamadan hazırlık hareketleri kapsamında kaldığını iddia eden Savcı Yaşar, sanıkların eyleminin "Suç için anlaşma" suçunu oluşturduğunu belirtti. Mütalaada sanıklar Çetin Doğan, Emin Küçükkılıç, Erdal Akyazan, İhsan Balabanlı, Mehmet Kaya Varol ve Behzat Balta'nın "suç için anlaşma" suçundan 3 aydan 12 yıla kadar hapis cezasıyla cezalandırılmaları istendi. Yargılama aşamasında hayatını kaybeden Metin Yavuzyalçın hakkındaki kamu davasının düşürülmesine karar verilmesi mütalaada talep edildi.

Ara kararını açıklayan mahkeme heyeti, sanıklara mütalaaya karşı savunma hazırlayabilmeleri için süre vererek duruşmayı erteledi.

Anayasa Mahkemesi'nin 'Hak ihlali' kararı vermesinin ardından yeniden görülen Balyoz Davası'nda 237 sanık beraat etmişti. Anadolu Cumhuriyet Başsavcılığı verilen beraat kararına 7 sanık yönünden itiraz etmişti. Başsavcılığın itirazında Çetin Doğan'ın plan seminerinde yaptığı konuşma içeriğinin mahiyeti itibariyle darbe yapmaya yönelik olduğunu, diğer 6 sanığın konuşmalarının da içerik itibariyle sanık Doğan'ın konuşmasıyla benzer içerikte olduğu iddia edildi.

İtiraz üzerine Yargıtay 16. Ceza Dairesi, 7 sanık hakkındaki beraat kararını bozarak dosyayı yeniden yerel mahkemeye gönderdi. Yargıtay bozma gerekçesi olarak ise sanık eylemlerinin 'Teşebbüs aşamasına ulaşmayan hazırlık hareketleri kapsamında değerlendirileceğini' gösterdi. Seminer çalışmasındaki konuşma içerikleri, plan seminerinin hukuki dayanağı ile icra şekline ilişkin kurumsal belgeleri dikkate alan Yargıtay, sanıkların fikir birliği içerisinde gerçekleşen eylemlerinin suç için anlaşma suçunu oluşturduğuna kanaat getirmişti.